En sus principios estas tierras estuvieron pobladas principalmente por indígenas Tahamíes, y por Caribes que llegaron a esta zona a través del río Nare y quienes denominaron el poblado inicialmente como El Nudillal. 

Su fundación se cuenta desde 1886 y, en febrero de 1889, fue anexado como corregimiento del municipio de Guatapé, con el nombre de Alejandría, en honor a San Pedro Alejandrino, patrono del municipio, y también en honor a uno de sus fundadores: Alejandro Osorio. 

Curiosamente, y contrario a lo que se dio en casi todos los municipios antioqueños, los cuales fueron creados por órdenes emanadas de entidades departamentales, la erección de Alejandría como municipio se dio fue por decreto presidencial desde la ciudad de Bogotá, como consecuencia de las condiciones políticas de la época. Al momento en que los habitantes de Alejandría enviaron la petición para convertirse en distrito, por aquel entonces, el presidente de Colombia, general Rafael Reyes había terminado con las asambleas departamentales y, accediendo a las peticiones de de los alejandrinos, creó el municipio mediante Decreto 304 de marzo de 1907.

Este municipio hace parte de la zona de represas del Oriente antioqueño, por lo cual es un municipio rico en aguas, convirtiéndose así en un atractivo turístico por su gran potencial hídrico del cual el Río Nare es su mayor exponente.