Cuando los conquistadores españoles llegaron en 1541 al territorio que hoy es La Ceja, descubrieron un extenso y fértil valle con hermosas y verdes praderas, y surcado por abundantes y limpias aguas que era habitado por los indios Tahamíes, una tribu dedicada a la agricultura, principalmente al cultivo del maíz.

Ya a principios del siglo XVII, antioqueños provenientes de Medellín y Santa Fe de Antioquia comenzaron a habitar estas tierras debido a sus atractivos naturales y fértiles tierras, aptas para la industria agrícola y la ganadería. En 1863 se abrió el camino entre San Nicolás de Rionegro y Santiago de Arma, el que a su vez conducía a Popayán. Los lugareños construyeron un refugio o tambo a la vera de esta ruta, lo cual originó posteriormente que la localidad comenzara a conocerse como “La Ceja del Tambo”.

Este municipio es conocido en América latina como ‘El Pequeño Vaticanito’, dado que en su territorio hacen presencia diferentes comunidades religiosas, seminarios, asociaciones sacerdotales, casas de retiros espirituales y, adicionalmente, en este municipio se encuentra ubicada la residencia del Obispo de la Diócesis de Sonsón-Rionegro.

La localidad también tiene gran fama por sus extensos cultivos de flores y por ser catalogado como el ‘Municipio Bicicletero de Colombia’, por ser un lugar donde existen más bicicletas por habitante del país, pues se estima que en cada familia cejeña hay en promedio dos bicicletas.

Así, se dice que existen cerca de 30 mil vehículos de este tipo en el municipio, de los cuales 13 mil circulan diariamente por sus calles  y otras más recorren las vías hacia los cultivos de flores, pues es el medio de transporte predilecto de las personas que laboran en esta actividad agrícola.