San Rafael es conocido como Embrujo de Aguas Cristalinas gracias a sus múltiples charcos, cascadas y quebradas que forman en su territorio los ríos que le atraviesan.
Además de los más reconocidos como La Cazuela, La Honda, Las Tangas, La Araña o la del Salto del Indio, San Rafael cuenta con otros charcos que bañan sus veredas. Entre estos están Las Malvinas, Churimo, Obdulita, La Chorrera, El Burro, Laguna Azul, El Trocadero (parte alta y baja), Jamaica, El Cafetal, Las Maruchas, La Chocha, El Palo, La Pirringa, La Cristalina, Charco Oscuro, La Clara, La Oscula, El Tahurete, El Castillo, entre otras.
