Las amplias extensiones de bosque con las que cuenta el municipio de San Francisco, le hacen contar para su fortuna y la de todo el ecosistema de una exuberante riqueza de fauna silvestre que se concentra, principalmente, en el corregimiento de Aquitania, aunque cerca a la cabecera municipal también es posible apreciar diversos ejemplares.
Esta riqueza se refleja en la presencia de varias especies que desde 1985 son consideradas en peligro de extinción, como los tucanes (más conocidos en el territorio como carrascos o paletones, entre los que se destaca el pilio o caliche, las águilas tijeretas, una amplia diversidad de pájaros carpinteros y los llamativos saltarines.
En la tarde noche es común escuchar el canto de las chorolas en las veredas cercanas y, adentrándose en bosques más conservados, el lúgubre canto de las “gurrías”.
Grupos de titíes se pueden encontrar también al borde de carreteras veredales, a escasos minutos del casco urbano. Las tairas, el zorro perro, los gurres, la guagua, el conejo o guatín, las cajuchas o tatabras, son mamíferos también relativamente comunes a lo largo del territorio sanfranciscano.
